空间利用率相对较低：与一些紧凑式的牛栏设计相比，自由散放式牛卧栏需要为每头奶牛提供较大的活动空间，单个卧栏面积可达 2.5 - 2.8 米长、1.5 - 1.8 米宽，这意味着在相同的养殖规模下，需要更大的牛舍面积来容纳奶牛。对于土地资源有限或养殖空间紧张的养殖场来说，可能会增加场地建设成本和土地使用压力。

管理难度有所增加：奶牛可以在较大的空间内自由活动，这使得养殖人员对奶牛个体的精准管理难度加大。例如，在进行个体奶牛的健康检查、疫苗接种、发情鉴定等工作时，可能需要花费更多的时间和精力来找到并控制目标奶牛。此外，奶牛的活动范围广，也可能导致一些行为难以预测，增加了管理的复杂性。

卫生清洁挑战较大：自由散放式牛卧栏内奶牛活动频繁，粪便和尿液的分布相对分散，不像传统对头式或对尾式牛栏那样集中在特定区域，这给卫生清洁工作带来了更大的挑战。清理粪便和污水需要更频繁地进行，且需要覆盖更大的面积，增加了清洁工作量和难度。如果卫生清洁不及时，容易导致牛舍环境恶化，滋生细菌和寄生虫，影响奶牛的健康。

饲料浪费可能较多：在自由散放的环境中，奶牛可能会在采食过程中随意走动，导致饲料被带到卧栏或其他非采食区域，造成饲料浪费。而且，由于奶牛活动空间大，饲料槽可能无法像在传统牛栏中那样精准地放置在每头奶牛面前，这也可能导致部分奶牛在采食时不够专注，进一步增加饲料浪费的可能性。饲料浪费不仅增加了养殖成本，还可能对牛舍环境造成污染。

容易出现争斗行为：虽然自由散放式设计给予了奶牛更多的活动空间，但在群体养殖中，奶牛之间仍可能存在竞争和争斗行为。尤其是在采食、饮水或争夺舒适的躺卧位置时，奶牛可能会发生顶撞、踩踏等争斗现象，这不仅可能导致奶牛受伤，还会影响奶牛的情绪和生产性能。对于一些性格较为温顺的奶牛品种，可能更容易受到攻击，影响其福利和健康。